Adını Donanma Komutanlığından alan okulumuz, Değirmendere Beldesinin Yüzbaşılar Mahallesinde bulunmaktadır. Kocaeli Valiliği, Gölcük Kaymakamlığı ve Milli Eğitim Müdürlüğü arasında 29 Temmuz 1983´te imzalanan protokol dahilinde, Gölcük Subay Eşleri Derneğinin girişimleri ve isminin Donanma İlkokulu olarak konulması koşuluyla sağlanan 4.000.000 (dört milyon) Türk Liralık katkılarıyla okulumuzun inşasına 1985 yılında ve Yüzbaşılar Mahallesinde başlanmıştır.
Okulumuz 1985-1986 eğitim-öğretim yılında 1. Sınıftan 5.Sınıfa kadar tüm sınıfları ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 4.285 metrekarelik bir alana kurulmuş olan okulumuz, ikinci binanın yapımının tamamlanmasıyla 1992-1993 yılında 8.Sınıfa kadar olan tüm sınıflarla Değirmendere İlköğretim Okulu olarak hizmet vermeye devam etmiştir. Öğrenci sayısının artması sebebiyle 2003 yılında üçüncü binamız faaliyete geçmiştir. Kamuoyunda 4+4+4 yasası olarak bilinen 6287 Sayılı İlköğretim ve Eğitim Kanunu ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun kapsamında ilkokula dönüştürülen okulumuz, Donanma İlkokulu olarak Anasınıfından 4.Sınıfa kadar eğitim vermeye devam etmektedir.
Okulumuzda Gölcük Halk Eğitim Merkezi işbirliği İle Hayat Boyu Öğrenme Projesi kapsamında keman, koro, halkoyunları ve satranç kursları verilmektedir.
2015-2016 eğitim-öğretim yılında okulumuzda açılmış olan Çocuk Kulübü, hafta içi 15.00-17.00 saatleri arasında faaliyet göstermektedir.
2015-2016 eğitim-öğretim yılı itibariyle okulumuzda 32 derslik bulunmaktadır. 1 müdür, 2 müdür yardımcısı, 34 öğretmen, 1 kadrolu yardımcı hizmetli personeli ve 704 öğrenci ile eğitim-öğretim faaliyetleri devam etmektedir.
Donanma İlkokulunda ;
1-Ahmet YURTALAN 1985-1995
2-Kemal SAYAR 1995-1996
3-Hülya KÜÇÜKKEÇECİ 1996-1997
4-Kadir BAYIROL 1997-2003
5-Cevat ÇİZMECİ 2004-2004
6-Y.Zeki KARADENİZ 2004-2011
7-Mehti GEDİKLİ 2011-2014
8-Kdir SONUGELEN 2014-2019
9-Ali DEMİR 2019-....
yıllarında okul müdürü olarak görev yapmışlardır.
2019 yılında okul müdürülüğüne atanan Ali DEMİR halen görevini sürdürmektedir.